Sebagai salah satu pilar utama dalam menjamin kualitas pendidikan dan pengembangan institusi, LPM memiliki peran yang sangat vital dalam memastikan bahwa Universitas PGRI Pontianak terus meningkatkan mutu pendidikan dan layanannyauntuk mencapai tujuan penjaminan mutu. Selain itu, LPM Universitas PGRI Pontianak juga mewadahi kelompok auditor internal.
Struktur Organisasi LPM ini ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas PGRI Pontianak Nomor L.135/202/R/SK/IX Tahun 2024 Tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Universitas Persatuan Guru Republik Indonesia Pontianak.

Sesuai struktur organisasi LPM Universitas PGRI Pontianak menetapkan tugas pokok dan fungsi masing-masing personil sebagai berikut:
- KEPALA : Mengkoordinasikan pelaksanaan sistem penjaminan mutu internal dan eksternal di universitas
- Kepala Seksi Penjaminan Mutu Internal : Menyusun dan melaksanakan audit mutu internal serta evaluasi diri unit kerja
- Kepala Seksi Penjaminan Mutu Eksternal : Mengelola proses akreditasi institusi dan program studi, serta hungan dengan lembaga eksternal.
- Kepala Seksi Perencanaan dan Pengembangan Institusi : Menyusun rencana strategis dan kebijakan pengembangan mutu kelembagaan
- Gugus Penjaminan Mutu (GPM) : Melaksanakan penjaminan mutu di tingkat fakultas atau unit kerja
- Gugus Kendali Mutu (GKM) : Melaksanakan penjaminan mutu di tingkat program studi.
